我国高等教育在规模发展和质量提高的同时，尚待机制体制方面的实质性突破，以利于拔尖创新人才的成长和一流大学的建设。本次《规划纲要》文本提出的政校分开、管办分离，以及落实和扩大学校办学自主权等，正是着眼于现实，赋予高等学校充分的、实实在在的自主权，充分发挥教育家和教育工作者的积极性，使高校竞相发展自己的特色，培养有特色和专长的学生的改革举措。
即便是具有丰富实践经验的教育家，也常常对教育有各自迥然不同的意见，而这恰恰是赋予高校自主权的最重要原因。
在允许他们发挥办教育的积极性、创造性的体系中，不同的教育团体（在高等教育是以高校为单位）可以发挥各自特长，实现百花齐放和教育欣欣向荣的新局面。相反，在自主权缺乏、“一刀切”的体系中，他们的各种特长不仅不可能得到发挥，而且会造成高校和行政管理机构的矛盾和冲突。社会不同人群、不同地区和时代，对于教育有不同要求。政府行政管理部门没有足够的精力、人员、能力来统一管理和提供能够满足社会需求和发展需要的多样化教育。
高校缺乏自主权，不仅高校和社会不满意，而且会错失为中国培养一大批栋梁之才，以及为我国的全面崛起提供坚实基础的时机。高校获得自主权后，各个高校的发展主要由自己负责。退出细节管理的政府行政机构，不再代表高校，而是在高校之上代表民众监督和评价高校。
目前各级行政机构对高校管理过多、过细，比如当行政机构要看研究论文的时候，学校无论研究水平高低，都集中很多精力鼓励研究论文。而管理多种不同高校的各级行政机构，不可能给高校定最高目标，这样就使有研究特长的大学被矮化（目标低、评价标准低，以SCI点数替代科学质量就是其结果）。与此同时，研究能力差的学校本来可能有其他特长，也被迫拔高赶论文。如果给予高校自主权，上述学校就可以去发现和发挥自己的特长，而不用都挤到中间去（矮化或拔高）。
高校缺乏自主权，不仅使他们失去一些本可发现的特色和拔尖人才，而且实际上导致我们教育的幼稚化。上级教育行政部门对下级的微观管理，反映出一种不信任，使得下级不容易成熟，其社会效果就是全社会的相对幼稚化，社会进步缓慢。
高校的自主权体现在五个方面。第一，涉及本科生和研究生的招生、课程设计、培养方案、毕业、学位、学术事项，原则上应该由各大学自己决定。教育部可以通过基本规划、法制规定、监督和评估等对大学实行宏观管理。第二，大学应该尝试建立理事会制度。理事会成员的组成应当反映出社会结构与社会发展的需要，与教育相关的政府部门可以占有适当的理事会席位。第三，大学校长的遴选应该由大学理事会决定，然后报送教育部批准任命。第四，各大学的经费预算应由财政部单列并直接划拨各高校。第五，在高校内部，校方也同样要赋予院系充分的自主权（教授聘任、课程设计、学生培养计划、毕业学位等），充分调动院系的主观能动性。
高校的自主管理，不仅在时间上可以逐步展开，改革不必同时开始，而且在空间上也可以分批、分期选择条件合适的学校进入自主管理的高校行列，即采取“先试点，再普及”的方式推进高等教育改革。同时，国家仍然要设有学位认定机构，确定哪些高校有授予哪些学位的权力，只在高校学位授予资格上起把关作用，不再进行微观管理。
高校获得自主权后，国家可以鼓励大学竞争。国家进行宏观管理时，可以有选择性地支持高校。国家不给出上限，而让自主办学的高校竞争，通过它们的竞争促成特色办学、培养特色人才。相反，国家如果给出上限、简单化的目标，就又会让高校被动地走上“一刀切”的窄路。学校间的竞争，可以使其各自能够达到的上限出乎意料地高，并且处于长期追求并不断超越既有水平的过程中，各个高校办学的道路也会越来越广。
高校获得自主权后，我们面临的最大问题可能是各高校在质量上参差不齐。在分阶段、分批试行高等教育改革的前提下，赋予高校自主权带来的负面影响可以降到最低，不能因为个别学校可能会出现质量问题而不给有能力的高校充足的自主权，可以有选择、有步骤先给一些学校自主权。如果有些学校管理混乱、不达标，教育行政机构可以收回其自主权。
扩大高校自主权，不仅可以极大地促进高等院校的发展，而且可以带动中小学教育的改革。在高校强调特色后，中小学将不再追求单一标准，转而有积极性发现和发展各自的特色。在高校没有自主权的情况下，“单色”的高校决定了中小学的千篇一律。
高校自主权改革，实质上类似于农村和企业改革，都是行政机构不再微观管理，而是调动、发挥一线的农民、企业家和教育工作者的积极自主性和创造性。可以预期，经过改革的高等教育界，将带动基础教育改革，不仅能为国家培养一批拔尖人才，也将为国家培养一大批有特色的优秀人才，为国家腾飞提供坚实的人才基础。
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