根据《教育部办公厅关于公布第二批深化创新创业教育改革示范高校名单的通知》（教高厅函[2017]39号），我校被认定为“全国第二批深化创新创业教育改革示范高校”。此次评选在高校自主申报、省级教育行政部门遴选推荐、教育部组织专家审核认定的基础上，共认定中国人民大学等101所高校。
教育部于2017年4月发布了开展第二批深化创新创业教育改革示范高校认定工作的通知，教务处协同学生处、团委等部门认真组织了申报工作，总结了我校在创新创业教育中的系统设计和特色做法，施大宁副校长率教务处王成华处长、原学生处王晖处长赴江苏省教育厅进行现场答辩，最终成功入选了省教育厅拟推荐名单。
按照《国务院办公厅关于深化高等学校创新创业教育改革的实施意见》的精神，学校高度重视创新创业教育改革，一是注重顶层谋划，在学校《综合改革方案》和《“十三五”人才培养规划》中将创新创业教育作为重点任务，不断完善制度、经费、条件等方面的保障政策。二是强化课程体系建设，开设多门跨学科专业的拓展课程和研讨课程，建成了“飞天学堂”和网络教学综合平台，6门课程入选国家级精品视频公开课，19门入选江苏省在线开放课程；三是强化创新创业平台建设，专项规划了2万平方米大学生创新工场，拓展了80余个校内创新创业平台和50个大学生主题创新区，开辟了4100平方米建立了大学生创业孵化中心（江苏省最早的创业中心之一），全面实施了创新实践工程八大计划；四是不断优化教学管理，建立了个性化培养教学管理制度，构建了以学生创新创业素质能力培养为主线的育人体系—“素质能力培养计划”（群星计划），建立了创新创业导师库。
经过多年的探索和实践，学校创新创业氛围浓厚，学生创新创业成绩斐然，每年超过2万人次学生参加科技创新活动，1500余人次在国家级各类竞赛中获奖，第十四届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中以420分的总分，位列全国第二，连续六届位列全国前三。在2017年第三届江苏省“互联网+”大学生创新创业竞赛中，我校获得了一等奖4项，三等奖2项的优异成绩。近年来先后获得“空客全球大学生航空创意竞赛”冠军，“中国软件杯”大学生软件设计大赛特等奖，在江苏省和工信部高校中名列前茅。在“周培源杯”全国大学生力学竞赛、全国电子设计竞赛等重要竞赛中，学生也屡屡折桂，涌现出以“第十一届中国大学生年度人物”黄鸣阳为代表的一大批学生典型，创新创业已成为南航学生最响亮名片。我校也先后入选为“全国高校实践育人创新创业基地”、“工信部‘大学生创业实践基地’建设单位”、“全国高等学校创业教育研究与实践先进单位”、“全国扶持女大学生就业创业优秀组织单位”，首批“江苏省大学生创业示范校”、“江苏省大学生创业示范基地”、“江苏省互联网众创园”、“江苏省众创空间”、“南京市就业创业指导站”。